Keď začne Isaacova matka počuť hlas boha, ktorý od nej vyžaduje obeť ako dôkaz jej viery, Isaac utečie do pivnice, kde sa postaví davu pomätených nepriateľov, strateným bratom a sestrám, jeho strachu a nakoniec aj vlastnej matke. The Binding of Isaac je náhodne generovaná akčná RPG strieľačka s mnohými Rogue-like prvkami.